Неудача выступления «Факела» в высшем свете, как и в любом, не только спортивном коллективе, привела к исходу исполнителей. Пришедшие на смену героям Воронежа, не смогли в полной мере соответствовать заданной высоте. В итоге воронежцы довольствовались лишь десятым местом во втором эшелоне отечественного футбола.

Еще труднее сложился 1987 год. Один провал, именно так это и называется, следовал за другим. Даже возглавивший клуб прославленный игрок сборной СССР, «Факела», ЦСКА и московского «Спартака» Виктор Евгеньевич Папаев не смог переломить ситуацию. Конечный результат был плачевным: 20-е место в турнирной таблице и шаг в болото второй лиги…

Причин произошедшему может быть много, но один факт однозначно имел место: в 1987 году «Факел» из ДСО «Зенит» был передан в подчинение ВДФСО профсоюзов.

Стоило наверное все-таки опуститься на дно союзного футбола «мастеров», чтобы прочуствовать, чего же мы стоим на самом деле. В сезоне 1988 года «Факел» с каждым туром наращивал свое преимущество и в итоге занял первую строчку в зональном турнире. Дальше любимцам Воронежа предстояла борьба за возвращение в первую лигу в переходных матчах.

В интересах выполнения задач по возвращению на утраченные позиции, после долгих уговоров, в команду в качестве тренера-консультанта был приглашен один из самых уважаемых в футбольном сообществе страны специалистов – Анатолий Федорович Полосин.

Соперниками «Факела» в переходных играх, проходивших в двухкруговом формате, стали черновицкая «Буковина» и свердловский «Уралмаш». Все решилось в последней игре турнира, когда «Факел», в тяжелейшей борьбе, сумел во втором тайме вырвать победу со счетом 2-0 (отличились Валерий Савельев и Андрей Карпенко).

Сезон 1989 года воронежцы начали в первой лиге под руководством теперь уже главного тренера Анатолия Полосина. Этот поистине талантливейший футбольный учитель за короткий срок преобразил игру своих подопечных как в обороне и центре поля, так и в линии атаки.

В этом же году произошло еще одно, отнюдь не рядовое событие: «Факел» вместе с днепропетровским «Днепром» стал первым в СССР хозрасчетным футбольным клубом.

Очень жаль, но после окончания сезона, подняв команду сразу на 5-е место в первом дивизионе, Анатолий Федорович покинул Воронеж, предпочтя Центральное Черноземье загранкомандировке по линии Госкомспорта. Возглавившему клуб Леониду Владимировичу Шевченко так и не удалось найти взаимопонимания с игроками и результатом команды стало лишь 10-е место.

В 1991 году «Факел» под руководством Федора Сергеевича Новикова, приглашенного в команду по протекции самого Бескова, с самого начала Первенства стоял «на вылет», закончив сезон в середине турнирной таблицы. Затем произошел развал Советского Союза и в истории Флагмана Черноземья начался новый этап существования, на котором у команды были и головокружительные взлеты и затянувшееся на года «смутное время»…