твой вариант - почему губернатору и правоохранительным органам надо было закрывать именно Чурсанова?

Моя версия, что его как наиболее борзого выбрали для показательной порки в свете борьбы за несчастных дольщиков и наказали по полной. Не вижу других причин по одинаковым делам назначать разные меры пресечения и вообще совершенно по-другому вести дела.

закрыли уже после окончания сезона, когда уже точно было понятно, что у ФСА перспектив нет никаких - в чем смысл тогда его держать под арестом столько времени был, по-твоему?

Копать под него начали задолго до того, как посадили, его же ЕМНИП ещё некоторое время найти не могли. А так как дело уже раскрутили и общественный резонанс был получен, то посадили. Естественно не исключительно по футбольному вопросу, но по совокупности так сказать.

Чурсанов не уходил от бюджетной зависимости, поскольку от бюджета не зависел никогда

Но судя по цитате - очень хотелось. Речь же как бы шла о поддержке того, кто создаст клуб, не требующий бюджетного финансирования и не зависимый от желаний властей. Не вяжется с желанием привлечь их внимание.