Официальной датой основания клуба является 1947 год, когда спортивным обществом «Крылья советов» воронежского завода п/я 71 (сейчас ВАСО) была создана футбольная команда.
Однако, еще в 1933 году в Воронеже появилась футбольная команда, которая представляла одно из крупнейших в городе предприятий – завод № 18 имени К.Е.Ворошилова (авиационный завод). Именно этой команде и предстояло в будущем сыграть главные роли в становлении профессионального футбола в Воронеже.
В 1936 году в СССР было создано добровольное спортивное общество (ДСО) при ЦК профсоюзов работников авиапромышленности «Крылья Советов», также стала называться и команда воронежского авиазавода.
Воронежские «Крылышки» принимали своих соперников на заводском стадионе (ныне стадион «Буран») и играли в форме голубого и синего цветов.
Начав свой путь в футболе в низших группах первенства города, "Крылышки" к 1941 году, стали сильнейшей командой Воронежской области:
В 1938 году «Крылья Советов» (Воронеж) дошли до финала зональных соревнований Кубка СССР. В розыгрыше Кубка РСФСР 1939 года самолетостроители выбыли из соревнований в 1/2 финала зоны. В этом же году команда стала победителем ЦС «Крылья Советов», а в 1940 - чемпионом Воронежской области.
Сезон 1941 года не предвещал ничего особенного. Начался чемпионат СССР, прошли розыгрыши Кубков в городах РСФСР, и должен был начаться Всероссийский розыгрыш. Воронежские «Крылья Советов» уехали в Куйбышев на товарищеские матчи, которые должны были состояться в выходные дни - 21 и 22 июня... Но футболисты наших городов в тот раз так и не сыграли… Грянувшая война помешала коллективу выйти на всероссийский и всесоюзный уровень.
В октябре 1941 года воронежский завод № 18 имени К.Е.Ворошилова был эвакуирован в местечко Безымянка в окрестностях г.Куйбышев. Туда же в качестве самолетостроителей перебралась и часть игроков «Крыльев Советов».
В 1943 году воронежский авиационный завод № 18 имени К.Е.Ворошилова вернулся на Родину из эвакуации…
Весной 1947 года председатель ДСО «Крылья Советов» воронежского завода п/я 71 (ныне - ВАСО) издал приказ о формировании футбольной команды в одноимённом КФК.
По всем правилам тогдашнего клубного принципа новоиспеченный коллектив получил название «Крылья Советов», но, из-за режима секретности, в прессе и в некоторых документах он стал именоваться командой Сталинского района.
В 1947 году команда Сталинского района начала свой путь в первенстве города по 2-й группе. В 1948-м авиазаводчане играли уже в 1-й группе и стали финалистами розыгрыша областного Кубка Обкома ВЛКСМ. А уже в 1949 году в финальном турнире в Борисоглебске этот коллектив стал чемпионом Воронежской области.
В 1950 - 1953 годах команда Сталинского района была участником чемпионата РСФСР среди КФК. А в 1954 году Сталинский район дебютировал среди команд мастеров под названием команда города Воронежа.
В 1959 году она получила название «Труд», в связи с переходом КФК авиазавода в одноимённое ДСО. В 1968 году коллектив физкультуры авиастроителей вошёл в ДСО «Зенит», но название команды мастеров осталось прежним.
В 1976 году «Труд» был передан из СК авиазавода (ныне – «Буран») в СК «Факел» (КБХА) того же ДСО «Зенит», и 10 января 1977 года команда получила новое название, сохранившееся до сего времени.
До 1979 года «Факел» играл в различных зонах Второй лиги. В 1979 году команда начала сезон в Первой лиге первенства СССР. В 1985 году команда играла в числе сильнейших клубов страны, но через год вернулась обратно, в 1988 году выступала во Второй лиге, в 1989—1991 годах — снова в Первой лиге.
В 1987 году «Факел» стал подчиняться ВФДСО профсоюзов, а в 1989 году стал хозрасчетным (профессиональным) футбольным клубом.
В 1992 году произошёл распад СССР, в результате чего советский футбол был реорганизован. «Факел» смог попасть в Высшую лигу чемпионата России. Из-за неудачной игры в течение двух лет команда попала сначала в Первую (1993), а затем и во Вторую лигу (1994).
В 2000 и 2001 годах «Факел» опять играл в Высшем дивизионе, откуда выбыл сначала в Первый (2002—2003), а потом — во Второй (2004), через год — вышел в Первый дивизион.
К концу 2001 года финансирование клуба из дефицитного областного бюджета было практически прекращено. Президент клуба Юрий Батищев был уволен. Вместо него был назначен Эдуард Саенко (брат футболиста Ивана Саенко).
В конце 2001 года — начале 2002 года планировалось переименовать команду в «Энергия». При этом в качестве причины указывалось «неблагозвучное именование команды на английском языке». Это возмутило болельщиков клуба, в результате решение было отменено.
Сезон 2005 года воронежский «Факел» закончил на 17-м месте в Первом дивизионе, спасшись от вылета во Второй дивизион.
Сезон 2006 года воронежский «Факел» закончил на 19-м месте и вылетел во Второй дивизион. После вылета во второй дивизион в 2006 году из-за финансовых проблем команда лишилась профессионального статуса. Осенью 2006 года началось конкурсное управление некоммерческого партнёрства (НКП) «Факел». Администрация Воронежской области создала открытое акционерное общество (ОАО) «Факел» (январь 2007). Команда не смогла получить финансовые гарантии участия во втором дивизионе и в марте 2007 года лишилась профессионального статуса.
В 2007 году в первенство любительской футбольной лиги (ЛФЛ), зона «Черноземье» заявился клуб под названием «Факел», во главе которого стоял исполнительный директор НКП «Факел» и генеральный директор ОАО «Факел» в одном лице Анатолий Дмитриев. По итогам сезона команда занимает 16 место из 17 команд и прекращает свое существование.
Решением Совета Ассоциации "Профессиональная футбольная Лига" от 24 декабря 2009 года Некоммерческое партнерство Футбольный клуб "Факел" г. Воронеж вновь принято в состав членов (участников) Ассоциации ПФЛ.