Футбольный клуб "Уфа" – ведущий клуб республики, входящий в тройку самых крупных спортивных клубов и представляющий Башкортостан на российском уровне.

Жители Башкортостана с футболом познакомились еще в начале прошлого века. А о первых официальных матчах информация появилась в 1912 году.

Летом 2010 года Президент Башкортостана Рустэм Хамитов заявил о необходимости создания в Уфе команды уровня Премьер-лиги. Новый клуб было решено сформировать на базе игравшего во Втором дивизионе  "Башинформсвязь-Динамо". Название команде выбрали болельщики, в опросе большинство голосов набрал вариант – "Футбольный клуб "Уфа".

Официальная дата основания клуба - 23 декабря 2010 года.

В первый же год своего выступления команде была поставлена цель попасть в Первый дивизион. Для решения поставленных задач в Уфу на должность тренера был приглашен Андрей Канчельскис, первоначально также было объявлено, что должность тренера-консультанта займёт Анатолий Бышовец, но впоследствии он от официальной должности отказался. Свой первый официальный матч "Уфа"сыграла в рамках кубка России против клуба  "Сызрань-2003". Победитель определился лишь в серии пенальти, где удачливее оказались представители Самарской области (3:4 по пен.). Дебют же в первенстве России состоялся 24 апреля. На своём поле, со счётом 3:1, была обыграна команда "Тюмень". Хет-трик на свой счёт записал Константин Ионов. 18 мая 2012 года по соглашению сторон был расторгнут контракт с генеральным директором ФК "Уфа" Алексеем Ощепковым и главным тренером Андреем Канчельскисом. 20 мая в матче против "Химика" Дзержинск командой руководил Андрей Малай. 21 мая временно исполняющим обязанности генерального директора стал Шамиль Газизов, главным тренером — Игорь Колыванов. По итогам сезона, клуб занял второе место, уступив Нефтехимику место в ФНЛ, только за счет поражения в личной встрече.

2 июля 2012 на внеочередном заседании общего собрания ФНЛ был рассмотрен вопрос о замещении не прошедшего лицензирование ФК "Динамо"(Брянск) футбольным клубом "Уфа", после чего ФК "Уфа" был принят в ФНЛ.

В первом своем сезоне в Футбольной Национальной Лиге "Уфа" с ходу вошла в число лучших команд Первенства, а после 8-9 туров даже возглавляла турнирную таблицу. В итоге "Уфа" показала лучший результат среди всех новичков Лиги и с ходу заняла 6 место. В 32 матчах уфимцы одержали 13 побед, 9 матчей завершили в ничью и 10 проиграли при разнице забитых и пропущенных мячей 31-30. Лучшим бомбардиром клуба стал Михаил Маркосов, забивший 9 мячей. Лучшим ассистентом – бразильский легионер Виллиам, отдавший 6 результативных передач.

По итогам Первенства ФНЛ 2013/14 уфимская команда заняла 4 место и вышла в стыковые матчи с "Томью". Первая игра состоялась 18 мая 2014 года, закончилась со счетом 5:1, покер оформил Дмитрий Голубов, еще один мяч на счету Вильяма. Ответная встреча состоялась 22 мая 2014 года в Томске на стадионе "Труд". Матч закончился со счётом 3:1 в пользу «Томи», что позволило «Уфе» впервые в своей истории подняться в Премьер-лигу.

Выход Футбольного клуба "Уфа" в сезоне 2013/14 в Российскую Футбольную Премьер Лигу стал динамичным толчком в развитие спорта номер один в республике.

В 2015 г. завершилась реконструкция стадиона "Нефтяник", современной арене присвоена высшая первая категория. В состав нового спортивного центра вошли основное и запасные поля, четыре тренировочные площадки, зрительские трибуны на 15 тысяч мест, фитнес-центр, восемь легкоатлетических дорожек и административно-бытовой корпус. Реконструкция стадиона началась в 2012 году.

По итогам первого сезона в Премьер-Лиге футбольный клуб "Уфа" занял 12 место, что позволило сохранить команде место в элитном дивизионе.

В летнее межсезонье 4 июля 2016-го года из "Уфы" в английский  "Манчестер Сити" за большую трансферную сумму перешел украинский хавбек Александр Зинченко, это стало первым в истории "Уфы" трансфером футболиста в английский топ-клуб.

6 июня 2016 года главным тренером команды был назначен белорусский специалист Виктор Гончаренко. Он поднял "Уфу" на 8 место к середине сезона, после чего ушел в московский ЦСКА. В свою очередь, голкипер Андрей Лунев, хорошо проявивший себя в осенней части сезона, получил выгодное предложение из санкт-петербургского "Зенита" и отправился туда.

На место Гончаренко 30 декабря 2016 года пришел легендарный Сергей Семак. Под его руководством клуб вышел в полуфинал Кубка России 2016/17, уступив лишь будущему победителю столичному "Локомотиву". По итогам сезона 16/17 "Уфа" заняла 7 место.

Сергей Богданович Семак был главным тренером и в следующем сезоне, который стал для нашего футбольного клуба историческим. "Уфа" заняла историческое шестое место в Российской Премьер-Лиге и впервые квалифицировалась в международный еврокубковый турнир, Лигу Европы. 29 мая 2018-го года Сергей Семак стал главным тренером "Зенита", а на его место вновь пришел Сергей Томаров.

Сезон 18/19 "Уфа" начала успешно – в Лиге Европы команда обыграла словенский "Домжале" и люксембургский "Прогрес", в чемпионате стартовала с ничьей с чемпионом прошлого сезона "Локомотивом" и победой над "Анжи" 3:0. Одним из самых важных матчей в истории для "Уфы" стоит назвать двухматчевое противостояние с легендарным шотландским "Рейнджерс". 23 августа уфимцы сыграли на стадионе "Айброкс" в Шотландии и уступили со счетом 0:1, а 30 августа на стадионе "Нефтяник" команды разошлись боевой ничьей 1:1. "Уфа" владела преимуществом, но не сумела реализовать несколько голевых моментов. В итоге "Рейнджерс" по сумме двух матчей пробился в групповой этап Лиги Европы, а "Уфе" не хватило для этого совсем чуть-чуть.

В сезоне 2021/22 гг. по итогам чемпионата "Уфа"заняла 14-е место и в стыковых матчах уступила "Оренбургу": в первом матче "Оренбург" дома добыл ничью, проигрывая 0:2, а в ответной игре Андрей Малых забил победный гол на 90+4-й минуте, сделав счёт 2:1. Спустя 8 лет в уфимцы покинули лигу сильнейших.

По результатам сезона 2022/23 гг. клуб не смог удержаться в ФНЛ и сезон 2024/24 провел во Второй лиге Дивизиона "А".

В июне 2023 года "Уфу" возглавил белорусский специалист Сергей Гуренко. Однако под его руководством команда неудачно начала сезон, из 8 матчей одержала всего 2 победы, 3 раза сыграла вничью и потерпела 3 поражения. После 7 туров уфимцы расположились на предпоследнем 9-м месте в турнирной таблице, и руководство клуба приняло решение отправить в отставку главного тренера. Новым наставником футбольного клуба был назначен Евгений Харлачев, который известен по выступлениям за "Крылья Советов", московский "Локомотив" и "Динамо". Команде удалось исправить турнирное положение и по итогам первой части сезона подняться на вторую строчку в таблице, набрав 31 очко (9 побед, 4 ничьих, 5 поражений).

В весенней части сезона уфимцы были стабильны, неизменно добиваясь победы дома и как минимум играя в ничью в гостях. За тур до финиша, одержав разгромную победу – 4:0, в гостях над "Краснодаром-2", футбольный клуб "Уфа" досрочно стал победителем Второй лиги сезона-2023/24!

Впервые в истории башкирского футбола клуб из столицы Башкортостана завоевал золотые медали Первенства России по футболу!