Я конечно очень далек от тендеров, но знаю точно, что в моей отрасли разные организаци выходят на тендер с разными стоимостями (в каждой свой ГИП и каждый ГИП по своему считает) и решение о том, кто торги выиграл в итоге принимает заказчик. Почему же в таком случае заказчик не может выбрать ту организацию, которой он был ранее заинтересован??

А ты условие внимательно прочел? Как бы там присутствует и изначальное требование о занижении стоимости работ, и, на мой взгляд, мошеннические действия победителя тендера, который сначала занижает стоимость работ, а потом в одностороннем порядке требует пересмотреть условия контракта. Так то понятно, что заказчик при прочих равных условиях выбирает (и должен выбирать, если заказчик - госконтора) подрядчика, предложившего лучшие условия.