С 1996 по 2003 год Перевертайло являлся играющим тренером клуба «Сигнал» («Спартак-Кавказтрансгаз») из города Изобильный, в 2004 год стал главным тренером клуба. В 2005 году возглавил ростовский СКА, после чего перешёл на работу в «Астрахань». В 2009 году Перевертайло непродолжительное время возглавлял «Машук-КМВ», в сезоне 2009/10 исполнял обязанности главного тренера клуба «Нижний Новгород». В 2011 году Перевертайло возглавил «Балтику». В сезоне 2012/13 «Балтика» заняла лишь пятое место, а сам Перевертайло был признан лучшим тренером сезона[2]. К кандидатуре Перевертайло, как потенциального главного тренера, неоднократно обращались клубы Премьер-лиги, в частности, летом 2013 года самарские «Крылья Советов» вели предметные переговоры с Перевертайло[3], появлялись новости об уже якобы состоявшемся назначении[4], но контракт так и не был подписан. В конце сезона 2013/14 в ряде СМИ появилась информации о скором назначении Перевертайло главным тренером пермского «Амкара»[5][6], но слухи не подтвердились, и он продолжил работу в «Балтике». 15 декабря 2014 года Совет директоров «Балтики» принял отставку Перевертайло[7], а на следующий день он подписал контракт в качестве старшего тренера с клубом ФНЛ «Тосно»[8]. 28 февраля после отставки Александра Григоряна стал исполняющим обязанности главного тренера клуба, а 26 марта стал главным тренером, подписав соглашение сроком до 10 июня 2016 года[9]. 31 июля 2015, после четырёх туров первенства ФНЛ, в которых клуб дважды выиграл и дважды проиграл, было объявлено о расторжении трудового договора с Перевертайло по обоюдному согласию. Сам тренер заявил, что ему не хватило времени и доверия[10]. С 21 октября 2015 года главный тренер клуба «Уфа». 18 мая 2016 года добровольно подал в отставку и был снят с должности главного тренера из-за неудовлетворительных результатов...