В 1959 году команда города Воронежа в связи с переходом КФК авиазавода в одноимённое ДСО получила название «Труд».

С особым блеском воронежские футболисты провели первый сезон с новым именем. Достаточно сказать, что в классе «Б» при 110 участниках воронежцы одержали больше всех побед и меньше других пропустили мячей в свои ворота (57-16). В финальном турнире класса «Б» среди команд РСФСР «Труд» занял третье место, пропустив вперед себя ленинградские «Адмиралтеец» и «Буревестник». Помимо бронзовых жетонов, за высокие спортивные достижения звания «мастер спорта СССР» были удостоены Феодосий Бондаренко, Иван Горностаев, Геннадий Красов, Виктор Смотрикин, Владимир Сорокин и Владимир Трофименко.

В 1960 году у руля команды встал Герман Семенович Зонин. На протяжении всего зонального турнира «Труд» выступал на высоком уровне и за три тура до финиша обеспечил себе первое место и выход в финал Чемпионата РСФСР среди команд класса «Б».

Финал Чемпионата РСФСР 1960 года прошел с 25 октября по 5 ноября в городе Шахты Ростовской области. Воронежский «Труд», одержав три победы при одном поражении, завоевал звание Чемпиона РСФСР и получил право в сезоне 1961 года выступать в классе «А» Чемпионата СССР, а Серафиму Андронникову, Вячеславу Иванову, Владимиру Мануйлову, Валерию Тараненко и Борису Чернышеву за высокие спортивные достижения присвоены звания «мастер спорта СССР».

1961 год оставил заметный след в спортивной жизни нашей команды. В этом памятном сезоне воронежский клуб впервые в своей истории дебютировал среди грандов отечественного футбола.

Свой первый матч в элите отечественного футбола воронежский "Труд" провел 8 апреля на выезде против бакинского "Нефтяника", но как и в дебютной игре в рамках чемпионата страны в 1954 году, уступил (0-1). У победителей в этой игре голом отметился известный в последствии тренер московского "Динамо" - Адамас Голодец. Первый гол воронежцев на высшем уровне в победном матче с ростовским СКА (2-1) забил Юрий Коротков.

Неудачные результаты первого круга предварительного этапа (последнее место) привели к отставке Зонина. Во втором круге команду начал тренировать ее бывший защитник, мастер спорта Виктор Петрович Белов. И дела потихоньку пошли на лад.

Однако, не смотря на то, что "Труд" по итогам сезона занял 15-е место среди 22-х участников, обыграв в очной встрече московское "Динамо" с самим Львом Яшиным в воротах, по действовавшему тогда регламенту соревнований, команда была вынуждена покинуть класс сильнейших.  Согласно положению о проведении чемпионата, воронежцы по итогам сезона вернулись в класс "Б" как худшая российская команда турнира.

Правда, "Труду" удалось громко хлопнуть дверью, оставив позади себя в турнирной таблице семь команд из столиц союзных республик: "Молдову" (Кишинев), "Кайрат" (Алма-Ата), "Нефтяник" (Баку), "Беларусь" (Минск), "Спартак" (Вильнюс), "Даугаву" (Рига) и "Калев" (Таллин).

После несправедливой неудачи на высшем уровне, в сезоне 1962 года воронежцы не опустили рук и вновь первенствовали в свой зоне класса "Б". Финальный турнир чемпионата РСФСР, прошедший в Краснодаре, который "Труд" провел на одном дыхании и стал серебряным призером, пропустив вперед себя только местный "Спартак". Но, к сожалению, это не имело большого значения. По решению союзного Спорткомитета, все пять участников финального турнира вместе с другими лучшими командами класса "Б" были включены в созданную в качестве промежуточной лиги 2-ю группу класса "А", которая стала функционировать с сезона 1963 года. За высокие спортивные достижения званий "мастер спорта СССР" в этом году были удостоены 8 воронежцев: Виктор Зотов, Вячеслав Лавыгин, Альберт Либер, Юрий Литвинов, Юрий Лукин, Валерий Мельников, Владилен Шамин и Владимир Янишевский.

Сезон 1963 года воронежские футболисты провели также уверенно, как и два предыдущих, и заняли третью строчку в турнирной таблице в своей зоне. Всего трех очков не хватило им, чтобы шагнуть на самую вершину. Уровень своих притязаний "Труд" наглядно продемонстрировал в матчах с лидерами - ярославским "Шинником" и горьковской "Волгой", набрав в них 6 очков из 8 возможных при разнице мячей 6-2.

В 1964 году у руля команды встал известный в прошлом футболист, олимпийский чемпион 1956 года, заслуженный мастер спорта Сергей Сергеевич Сальников. Итоговое 12-е место команды привело к тому, что в следующем году команду вновь возглавил Дмитрий Егорович Синяков, при котором началась смена поколений. В этом сезоне воронежцы выступили настолько неудачно, что умудрились показать самый худший результат за всю историю выступлений "Труда" во втором эшелоне отечественного футбола - 22-е место.

В последующие два года команду возглавлял кумир воронежских болельщиков - Юрий Николаевич Коротков. В этот период команда завоевала статус крепкого середняка, а за удачные выступления в составе сборной РСФСР звания "мастер спорта СССР" были вручены Александру Миронову (1966 г.), Владимиру Проскурину и Евгению Щеголеву (оба - 1967 г.).

В 1968 году коллектив физкультуры авиастроителей вошёл в ДСО «Зенит», но по причине пресловутой секретности название команды мастеров осталось прежним, а на тренерский мостик вернулся Виктор Петрович Белов.

В 1/16 финала розыгрыша Кубка СССР 1969 года воронежскому "Труду" впервые в своей истории удалось обыграть московский "Спартак". Первый матч завершился со счетом 0-0, а во втором сильнее оказались воронежцы (1-0). В этом розыгрыше "Труд" впервые в истории дошел до 1/4 финала, где уступил львовским "Карпатам" (0-1).

Начало 70-х годов ознаменовалось коренной перестройкой структуры проведения чемпионатов страны по футболу. Решением Спорткомитета 2-я группа класса "А" и класс "Б" были упразднены, а все лучшие команды включены во вторую лигу.

В период с 1970 по 1976 г.г. воронежская команда постепенно утратила свои позиции, одной из причин стал отказ от приглашения иногородних футболистов. В это время команду возглавляли Борис Николаевич Чернышев и Дмитрий Егорович Синяков, при котором в 1972 году сложилась уникальная ситуация - ряды "Труда" не пополнил ни один новый футболист. Интересно, но именно в этом году воронежцам вновь удалось подняться на третью строчку в своей зоне.
 
По окончании сезона 1976 года в истории главной команды Воронежа произошел новый поворот - «Труд» был передан из СК авиазавода (ныне «Буран») в СК «Факел» (КБХА) того же ДСО «Зенит», и команда получила новое название, сохранившееся до сего времени.